Доходом считается цена продажи недвижимости. Доход можно уменьшить, применив либо имущественный вычет в размере до 1 млн рублей, либо фактические расходы по приобретению недвижимости.
Например, если продавец купил квартиру 2 года назад по цене 3 млн и теперь продает за 4 млн, то его налог составит 130тыс.р. (13% от 1 млн, т.е. с разницы).